A tortura faz parte do sistema carcerário brasileiro. O mero ato de privar uma pessoa de sua liberdade e colocá-la em uma cela superlotada, sem ventilação, higiene e outras condições minimamente aceitáveis já constitui uma forma de tortura.
A definição de tortura apenas como agressão física não é suficiente para se compreender a gravidade das violações cometidas no sistema carcerário cotidianamente, em todos os presídios brasileiros, a maioria das quais não vem a público.
Por isso, é missão da Pastoral Carcerária e seus agentes combater e denunciar a tortura em todos seus aspectos: físico, psicológico, social e espiritual.
Um dos resultados deste trabalho de denúncia foi o relatório Tortura em Tempos de Encarceramento em Massa, lançado em 2016.
O relatório é resultado de dois anos de acompanhamento e análise de 105 casos de torturas que foram denunciados pela Pastoral Carcerária, além de uma experiência de monitoramento em 19 unidades prisionais no Estado de São Paulo que abrigam presos provisórios.
O estudo mostra que a tortura no Brasil continua extremamente viva e presente, e que a quase totalidade da população carcerária brasileira se encontra em condições desumanas e de absoluta ilegalidade; sendo assim, não seria equivocado afirmar que nunca antes tantos brasileiros privados de liberdade foram expostos à tortura.
Todas as denúncias dos 105 casos de tortura presentes no relatório foram arquivadas pelo Ministério Público. Para o Padre Valdir Silveira, coordenador nacional da Pastoral Carcerária, isso mostra que a tortura não é exceção, e sim a regra do sistema carcerário.